예수 그리스도의 은혜가 임하여 1898년 목포선교부를 개설하며 선교의 역사를 시작하여, 신앙양심의 자유와 불법적인 교권주의에 맞서 1953년 호헌총회에 참여하였던 전국의 4개 노회 중에 목포노회가 포함되었으며, 그 이후 1960년 목포노회와 전남노회의 통합노회가 출범하여, 1991년 전남노회가 광주노회와 전남노회로 분립된 후, 오늘에 이르러 또다시 선교의 지평을 넓히고자 전남노회가 목포, 전남, 전남서노회로 분립되어, 신앙의 전통을 잇는 목포노회로 부활하였습니다. 전남노회의 역사와 전통을 보전하며 뿌리 깊은 목포의 기독교 역사의 맥을 다시 세워가는 노회의 사명을 각인하며 새 출발하였습니다.

본 노회는 목포 전 지역과 신안, 진도, 무안, 영암 일부지역 48개 교회(목포동시찰 27개, 목포서시찰 21개)로 이루어졌으며, 목포노회 안에는 4개의 상비부(정치부, 사회선교부, 교육신도부, 재정부)와 상임위원회(공천, 고시교육, 선교, 교화사회평화통일, 신도, 재정)기 조직되어 있습니다.

오늘날, 한국교회는 세상의 빛과 소금으로서 사명을 잃어버리고 교회중심주의에 집착해 독선과 이기주의의 표상이 되어 버렸습니다. 포용과 사랑 대신 배타와 질시로 교회는 스스로 세상으로부터 고립된 집단이 되어 가고 있으며, 불행하게도 그 심각성을 깨닫지 못하고 있습니다. 이제, 한국기독교장로회 목포노회는 일그러져가는 기독교 복음의 본질을 회복하며, 교회와 세상에 희망의 빛이 되며, 썩은 곳을 치유하는 소금이 될 것입니다. 종교개혁 500년의 의미를 되새기며 교회가 교회다워지는 것이야말로 교회가 세상을 위해 해야 할 첫 번째 책무입니다. 또한, 지역사회의 삶과 정신을 이끄는 성숙한 생명-평화의 선교를 위한 교회의 사명, 이 나라와 역사 앞에 하나님이 주신 인간의 존엄성과 민중의 주인 됨을 위한 사명, 분단된 이 나라, 남과 북의 평화와 통일을 위해 온 몸으로 기도하며 세계 평화를 위해 선교하는 노회로서 사명을 감당하기 위해 1953년 한국기독교장로회의 출발의 정신이, 새로운 모습, 새로운 이름으로 출발하는 오늘 한국기독교장로회 목포노회의 정신을 인도할 것입니다. 이제 목포노회는 하나님께서 우리를 선택하시고 하나님 나라의 일꾼으로 세우시는 그 참된 뜻을 받드는 노회가 될 것입니다.